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申请ISO22000认证前所需准备的事宜企业在申请认证前，ISO22000体系应运行三个月，做内审，并对内审中发现的不合格实施了确认、整改和验证。
当企业具备了以上的基本条件后，可向有认证资格的认证公司提出意向申请。此时可向认证公司索取公开文件和申请表，了解有关申请者须具备的条件、认证工作程序、收费标准等有关事项。认证通常要求企业填写企业情况调查表和意向书等。当然，不同的认证公司对此有不同的要求。在正式申请认证时，申请者应按认证的要求填写申请表，提交食品管理手册、程序文件、SSOP、ISO22000计划书及其他有关证实材料供认证文件审核。
认证对申请企业提交的申请材料进行审查，决定是否受理申请。如果决定受理申请，则双方签定合同；如果不受理，认证公司以书面形式通知申请者并说明理由。文件审查主要看企业编写的体系文件能否达相关认证标准的要求，卫生标准控制程序（SSOP）能否达GMP的要求，ISO22000计划书制定的是否合理，危害分析是否充足等。
当签定了认证合同后，认证公司一般按如下程序进行审核：组成审核组、文件审核、初访或预审核、现场审核前的准备、现场审核并提交报告。对申请产品ISO22000认证的企业，还要进行产品型式检验，认证公司根据规定要求审查提交的质量体系审核报告和产品形式检验报告后，有产品的质量认证综合报告，提交认证的管理会审批，据此作出是否批准认证的决定。对批准通过认证的企业发证并进行注册管理。对不批准认证的企业书面通知，说明原因。
证上注明了获证企业的名称、生产现场地址（如为多现场应注明每一现场的地址）、体系覆盖产品、审核依据的标准及发证日期等。获得证的企业，应按证上及标志管理程序的有关规定使用证，并接受认证公司的监督与管理，认证公司将依据规定的要求作出维持、暂停或撤销的决定。